內源性物質藥物：是體內天然存在的物質，包括維生素、激素、蛋白質及電解質類等，存在以下難點：1）如何將內源性藥物與體內自然生成或其他來源（如飲食）的同類物質區分開；2）由于機體自身穩定機制，使其在不同時間的血藥濃度存在一定周期性或隨季節的變化而產生季節效應，如何進行試驗設計和采集；3）在檢測過程中，如何排除干擾取得真正不含待測物的基質等。
所以自身的特點就決定與一般口服的常釋制劑開展生物等效性不同。對于內源性藥物應先估算內源性化合物在血樣中的基線值，再從給藥后測得的總血藥濃度中減去這一基線值，依此估算自藥物釋放的藥量。但如何進行基線的采集和校正，是我們試驗設計的要點，這直接影響試驗等效的把握度。
1）若內源性化合物由機體產生且不具有晝夜節律性，應在每周期給藥前至少采集三個空白采樣點（建議在給藥前24h采集3點），包括0點；
2）若內源性化合物由機體產生且具有晝夜節律性，應在每個給藥周期前進行點對點采集；
3）若內源性化合物來源于食物：應在試驗前及試驗過程中嚴格控制該化合物自飲食攝入。受試者應自試驗前即進入研究中心，統一標準化飲食。
1）應計算多點采集后濃度的平均值作為內源性物質的平均基線水平。給藥后實測的濃度減去平均基線值作為校正后的結果；
2）晝夜規律性的藥物采用給藥后相同時間的濃度減去給藥前相同基線的采樣點濃度；
3）對于AUC的計算方法有兩種：
a）給藥后的血藥濃度減去該內源物質平均的基礎濃度或者點對點的濃度；
b）每一個給藥后的 AUC 分別減去與之對應的基礎水平的AUC。但無論采用哪種方式，AUC的計算必須是經過校正的。
4）若經過基線校正后血藥濃度出現負值，無論是Tmax之前還是之后則以零計。校正前和校正后的數據應分別進行藥代動力學參數計算和統計分析。采用校正后的數據進行生物等效性評價。
5）若出現校正后的濃度低于LLOQ，無論是Tmax之前還是之后均以0處理；另外若測定的基線值低于LLOQ，建議按0處理。
1）在給藥前讓受試者服用抑制體內的內源性物質的抑制劑，降低基線干擾，如服用抑制生長素的抑制劑，此時受試者的基線濃度不在進行校正；
2）選擇內源性物質缺乏的研究人群的受試者；
3）限定含內源性化合物的飲食的攝入：食物的攝入必須嚴格標準化；
4）增大研究藥物劑量：受試者接受遠大于常規治療量的研究藥物，來增大外源性藥物與內源性物質的濃度差，最大程度的降低內源性干擾。
關于內源性物質藥物生物等效性的評價是以個體化為基礎的，所以具體的品種應結合自身藥物的特點和代謝進行基線的采集和校正，減少非藥物因素的影響。但由于內源性藥物生物等效性的評價難度較大，具有非常大的挑戰性，因此需要不斷探討和總結更有效的生物等效性研究與評價方法，進一步促進我國仿制藥與療效一致性評價。
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