1983年衛(wèi)生部批準(zhǔn)南京中醫(yī)藥大學(xué)為國家藥品臨床研究基地，1999年SFDA批準(zhǔn)南京中醫(yī)藥大學(xué)附屬醫(yī)院為“國家藥品臨床研究基地（中藥）”，2006年通過SFDA“國家藥物臨床試驗(yàn)機(jī)構(gòu)”的認(rèn)證檢查。2003年“國家中藥臨床試驗(yàn)研究中心（南京）”通過國家科學(xué)技術(shù)部的驗(yàn)收。  藥物臨床試驗(yàn)機(jī)構(gòu)的組織架構(gòu)包括：機(jī)構(gòu)辦公室（包括質(zhì)量管理室，資料室），臨床專業(yè)科室（包括Ⅰ期病房，臨床藥理實(shí)驗(yàn)室），理化檢查實(shí)驗(yàn)室，藥劑科試驗(yàn)藥物庫房和藥房，藥品不良反應(yīng)監(jiān)測室。其中檢驗(yàn)科2007年通過中國實(shí)驗(yàn)室國家認(rèn)可委員會（CNAL）ISO 15189:2003的醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可。臨床藥理實(shí)驗(yàn)2008年通過國家認(rèn)可委ISO/IEC17025認(rèn)可，2009年獲國家中醫(yī)藥管理局中醫(yī)藥科研實(shí)驗(yàn)室（三級）。
     國家藥物臨床試驗(yàn)機(jī)構(gòu)認(rèn)定專業(yè)有18個：中醫(yī)兒科，中醫(yī)消化，中醫(yī)呼吸，中醫(yī)耳鼻喉，中醫(yī)內(nèi)分泌科，中醫(yī)風(fēng)濕，中醫(yī)老年�。ɡ夏晷园V呆，老年腦梗死后遺癥），中醫(yī)心血管，中醫(yī)腫瘤，中醫(yī)神經(jīng)內(nèi)科，中醫(yī)血液，中醫(yī)外科，中醫(yī)皮膚，中醫(yī)眼科，中醫(yī)婦科，中醫(yī)骨傷，中醫(yī)肛腸，中醫(yī)男科，以及Ⅰ期臨床試驗(yàn)研究室。此外，醫(yī)院倫理委員會2007年通過WHO/TDR SIDCER認(rèn)證，2013年通過國家中醫(yī)藥管理局“臨床研究倫理審查平臺”驗(yàn)收。

      臨床藥理科

      臨床藥理科包括I期病房和臨床藥理實(shí)驗(yàn)室。I期病房位于北院東樓十六病區(qū)，使用面積480平方米，現(xiàn)有專職研究人員2人，兼職研究人員4人，病區(qū)設(shè)有床位32張，設(shè)有檔案室、藥物儲存和準(zhǔn)備室、配餐室、監(jiān)查員辦公室、醫(yī)護(hù)人員工作區(qū)、受試者接待室、活動室、寄物柜具有安全良好的網(wǎng)絡(luò)和通訊設(shè)施。擁有中心吸氧、中心吸引、9臺心電監(jiān)護(hù)儀、8臺輸液泵、呼吸機(jī)、除顫機(jī)、洗胃機(jī)、ECG-6951D型心電圖機(jī)的SOP、ECG-9620P型三道自動分析心電圖機(jī)的SOP、PHILIPS A3型床邊心電監(jiān)護(hù)儀的SOP、BSM-2301K型床邊心電監(jiān)護(hù)儀的SOP、熊牌1000型呼吸機(jī)的SOP、DXM-2型快速電子洗胃機(jī)的SOP、電除顫儀的、電動吸引器、輸液泵等儀器設(shè)備。